Kusanagi recobra el conocimiento tras una infiltración cerebral en el Maestro de Marionetas. Aunque ya conocen la verdad sobre lo ocurrido, ella sigue percibiendo la presencia del Maestro de Marionetas de vez en cuando. La Patrulla Especial Acorazada Antidisturbios asalta un barco que utiliza una célula terrorista, y Kusanagi dispara y mata por error a su líder.