Un agente del NCIS viene ucciso durante l'organizzazione della sicurezza del Vice Comandante delle Operazioni Navali. Pride e la squadra vengono incaricati di capire se l'omicidio possa avere un legame con il Vice Comandante o se era qualcun altro nel mirino dell'assassino. Intanto Brody viene messa sotto indagine e i fantasmi del suo passato tornano a tormentarla.