Tijdens een inval bij een bijeenkomst met een handelsvertegenwoordiger waarbij corruptie in de lucht hangt, ontmoet Daisuke Aramaki van Openbare Veiligheid een mysterieuze cyborg. De cyborg, genaamd Motoko Kusanagi, stelt de minister van Binnenlandse Zaken voor om een nieuwe speciale eenheid op te richten. Aramaki vraagt Kusanagi om als eerste stap iets uit te zoeken.