Kusanagi i jej chłopak w wyniku tajemniczego ataku trafiają do szpitala. Podejrzenie pada na Toru Somę, terrorystę, z którym Motoko ma niedokończone sprawy. Ucieczka przed prześladowcami sprowadza Kusanagi i Togusę do opuszczonej fabryki, gdzie muszą podjąć rozpaczliwą walkę z uzbrojoną grupą.