W 2029 roku, w Japonii niedalekiej przyszłości, cyborg Motoko Kusanagi planuje utworzyć jednostkę zajmującą się zwalczaniem pojawiających się zagrożeń. Tymczasem Daisuke Aramaki rekrutuje członków do swojego zespołu i tworzy Sekcję Bezpieczeństwa Publicznego nr 9, znaną również jako „Jednostka Specjalna”. Tworzy się spisek, a na scenie pojawia się haker: „Puppet Master”. Co przyniesie przyszłość Kusanagi? Jakie są zamiary tego hakera? Wkrótce rozpocznie się nowa era akcji inspirowanej cyberpunkiem!