Itsuka Shido jest uczniem szkoły średniej. Ostatniego dnia wiosennych wakacji jego miasto zostaje zniszczone przez eksplozję, a przed nim pojawia się dama w zbroi. Kotori, która jest nie tylko uwodzicielską przyrodnią siostrą Shido, ale także dowódcą organizacji wojskowej Ratatosk, wyjawia mu, że dama jest w rzeczywistości duchem zakłócającym równowagę czasoprzestrzeni. Jedynym sposobem na zakończenie tej katastrofy jest odkrycie przez nią miłości. Zadanie to będzie dla Shido trudne do wykonania.