2029, Japonia. W niedalekiej przyszłości Motoko Kusanagi wdraża ideę jednostki neutralizującej zagrożenia jeszcze zanim uderzą. Daisuke Aramaki tworzy w tym celu Sekcję 9 Wydziału Bezpieczeństwa. Śledztwo w sprawie globalnej intrygi trafia na trop hakera znanego jako „Władca Marionetek”.