L'histoire se déroule en 2120, soit deux ans avant les événements du film original Alien (1979). Un vaisseau spatial de la société Weyland-Yutani, le USCSS Maginot, s'écrase sur Terre, précisément à Prodigy City. Parmi les survivants se trouvent Wendy, une humanoïde hybride dotée d'une conscience humaine, et un groupe de soldats tactiques. En explorant les décombres, ils découvrent des formes de vie prédatrices d'une terreur inédite, mettant en péril l'avenir de l'humanité.