À l'issue du plus grand affrontement père-fils de la Terre, Baki et d'autres combattants de légende sont pris d'un ennui mortel. Pendant ce temps, à 364 mètres sous la tour Tokyo Skytree, un plan secret est mis sur pied pour ramener à la vie le maître de sabre, Miyamoto Musashi… Quand Miyamoto Musashi débarque à l'époque actuelle, c'est avec une puissance et une vitesse inégalées qu'il s'attaque à Baki et aux autres. La légende contre les meilleurs combattants des arènes : qui remportera ce combat d'arts martiaux mixtes à travers le temps et l'espace ?