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Hiro Hirono est un jeune auteur de manga. La veille de Noël, il se fait piquer son vélo par une étrange fille qui cherche à récupérer son sac à main, dérobé par un voleur. Echouant dans sa tache, elle casse le vélo de Hiro et décide de rester à ses côtés pour rembourser sa dette.

Kyosuke Tsutsumi fait partie du club de vidéo de son lycée. Alors qu'il filme les gens faire leurs achats de Noël, il est interpellé par une jeune fille qui passe en courant dans la rue. Il essaye de capturer son image mais trop tard, la photo restera floue et l'identité de la fille inconnue...

Renji Asou est un grand rêveur et lecteur. Son lieu de prédilection est une gare abandonnée où il aime lire seul. Un jour, il y rencontre une jeune fille très douce qui cache un lourd secret dans un étrange journal rose qu'elle garde toujours avec elle...

Ef –a tale of memories raconte l'histoire de ces âmes solitaires dans leurs grands moments de joie mais aussi de peine et de souffrance.