La squadra di Pride ritorna a lavoro per indagare su un cecchino che terrorizza la città. Nel frattempo si scopre che Brody ha deciso di non voler più tornare in squadra. Durante le indagini vengono poi affiancati da Tammy Gregorio, un'agente dell'FBI inviata da Washington per l'inchiesta sul team del NCIS in seguito ai loro rapporti con John Russo. La squadra riesce poi a scoprire che il cecchino è un membro del cartello per cui Russo lavorava, che sta cercado di eliminare tutti coloro che hanno collaborato nell'organizzare per non lasciare tracce. La Gregorio riesce comunque ad eliminarlo.