Podczas nalotu na miejsce potencjalnie kryminogennych negocjacji z przedstawicielem obcego państwa Daisuke Aramaki z Wydziału Bezpieczeństwa spotyka tajemniczego cyborga. Kobieta, przedstawiwszy się jako Motoko Kusanagi, proponuje ministrowi spraw wewnętrznych utworzenie nowej wyspecjalizowanej jednostki. Aramaki przystępuje do sprawdzenia Kusanagi w ramach jej pierwszej misji.