Grâce à Index, Hyōka revient à la normale et, bien qu'elle se blâme du chaos qu'elle a causé, Tōma lui assure qu'elle a également protégé la population de la ville. Alors qu'Acqua se retire avec Vento et le reste de ses hommes d'Academy City, Accelerator est capturé par les forces de sécurité de la ville. Alors que la ville se remet de l'attaque de Vento, la classe de Tsuchimikado et Tōma dîne dans un restaurant sukiyaki où ils parleront plus tard de la façon dont une guerre se déroulera à Academy City. Pendant ce temps, le conseil d'administration de la ville punit Accelerator pour ses actions en le faisant rejoindre une équipe spéciale appelée GROUP, composée de Tsuchimikado, Awaki et du mage qui s'est déguisé en Mitsuki Unabara. Après avoir augmenté la limite de temps des pouvoirs de l'Accélérateur, la première mission du GROUPE est de neutraliser la menace posée par les Skill-Outs, ...