La historia se abre justo después del asesinato de la almirante Cain a manos de Gina Inviere, también conocida como Número 6, y el posterior nombramiento de Lee Adama como máximo responsable de la nave Pegasus (eventos que tuvieron lugar durante la segunda temporada de la serie).
A partir de ahí, la película da marcha atrás para contarnos el ataque de los cylons contra la flota y las colonias desde el punto de vista de la nave Pegasus, entonces comandada por la almirante Cain, que maneja con mano de hierro a su tripulación y consigue inyectar en sus subordinados el veneno de la venganza como combustible para seguir luchando contra los cylons. Bajo sus órdenes, la recién llegada Kendra Shaw –a través de cuyos ojos presenciamos los acontecimientos previos al encuentro entre las naves Pegasus y Galactica–, que se irá endureciendo progresivamente a la sombra de la implacable almirante, aprendiendo que en tiempos de guerra a veces hay que tomar decisiones radicales para que la batalla siga abierta.
Más adelante, Lee Adama la nombrará mayor y participará en la primera misión de la nave Pegasus a sus órdenes, lo que propiciará un dramático encuentro con un misterioso ser con el que ya se cruzó, cuarenta años atrás, durante la primera guerra contra los cylons, un entonces joven William Adama.