Dans un Japon peuplé de Kaiju, Kafka Hibino travaille dans l'élimination de monstres. Après avoir retrouvé son amie d'enfance Mina Ashiro, étoile montante de la Force de Défense anti-Kaiju, il décide de poursuivre son rêve abandonné de rejoindre la Force… lorsqu'il se transforme soudain en le puissant « Kaiju n° 8 ». Avec l'aide de son jeune collègue Reno Ichikawa, Kafka cache son identité tout en poursuivant son rêve de toujours : réussir l'examen de la Force de Défense et se tenir aux côtés de Mina. Mais lorsqu'un mystérieux Kaiju intelligent attaque une base de la Force de Défense, Kafka est confronté à une décision cruciale dans une situation désespérée…