Dans un univers tourmenté par d'horribles bêtes gigantesques baptisées kaiju, Kafka Hibino nourrit l'espoir d'intégrer un jour les Forces de Défense pour affronter ces effrayantes entités. C'était un rêve qu'il partageait avec son amie d'enfance, Mina Ashiro, mais leurs trajectoires ont divergé. Aujourd'hui, Kafka se charge de nettoyer les rues de leurs gênants cadavres lorsqu'il croise le chemin de Reno Ichikawa. L'obstination de Reno à intégrer les Forces de Défense incite Kafka à se rapprocher de Mina afin de sauvegarder l'humanité.