Le plus gros saphir bleu du monde, le « Poing de Saphir bleu », aurait sombré lors du naufrage d'un bateau de pirates à la fin du XIXe siècle au large des côtes de Singapour. Un millionnaire local complote pour le récupérer, et lorsqu'il refait son apparition dans l'exposition d'un hôtel singapourien, un meurtre a lieu et une carte de visite de Kaitō Kid est retrouvée sur les lieux du crime.
Toujours à Singapour, Makoto participe à un tournoi d'arts martiaux où le rejoignent Ran et Sonoko pour l'encourager. Conan est quant à lui bloqué au Japon car il n'a pas de passeport. Cependant, Kaitō Kid désire se servir de lui pour s'emparer du saphir et l'enlève pour l'emmener dans la cité-état. Sur place, Conan doit lui obéir s'il veut rentrer au Japon, se fait confisquer, entre autres, ses lunettes, sa montre-bracelet et ses vêtements et doit dissimuler son identité.